早期生涯
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出生於上巴伐利亞魏爾海姆的穆勒在1993年便加入了TSV帕爾（TSV Pähl）的青訓營，並在他10歲的時候[5]轉投距離當地50公里遠的德甲球隊拜仁慕尼黑[6]。在拜仁青訓體系中，穆勒的進步迅速，並在2007年成為球隊奪得19歲以下德甲聯賽亞軍的一員[6]。2008年3月，在拜仁慕尼黑二隊對陣翁特哈興的一場地區聯賽比賽中，穆勒替換史蒂芬·菲爾斯特納出場，並取得進球，完成了他在二隊的首秀[7]。在2007-08賽季，他還代表二隊有過另外2次的出場紀錄，同時仍繼續效力於19歲以下青年隊。在隨後的一個賽季，拜仁二隊獲得了參加新成立的德國足球丙級聯賽的資格，穆勒於此項賽事中確立了自己作為關鍵球員的地位，他在全部38場聯賽中出場32次[8]，並射入15球，在聯賽神射手中名列第五[9]。
此外，他還在賽季前被時任總教練的尤爾根·克林斯曼召入一線隊參加友誼賽[10][11]，並在2008年8月15日對陣漢堡的德甲聯賽中於最後10分鐘替換克洛澤出場，完成了其在一線隊的正式首秀[12]，巧合的是，這場比賽也是孔帕尼在漢堡的最後一場比賽，孔帕尼在數日後轉投曼城，並在結束球員生涯後成為了拜仁慕尼黑的教練並執教了穆勒在拜仁的最後一個賽季。儘管穆勒感覺自己的表現並不太好[13]，但他在該賽季還是獲得了3次德甲出場機會[8]。他的歐洲冠軍聯賽處子秀則是在2009年3月10日拜仁以7比1戰勝體育CP的比賽中，於第72分鐘替換巴斯蒂安·史汪斯泰格出場並射入最後1球，幫助球隊以兩回合總比分12比1晉身[14]。
拜仁慕尼黑
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穆勒在2009年2月連同其二隊隊友霍爾格·巴德施圖伯簽署了他們的第一份職業合同，該合同為期兩年，從2009-10賽季起生效[15]。他原本準備通過租借或轉會的方式以謀求更多的一線隊出場機會[13]，但當范加爾就任總教練後，這兩位球員從賽季開始之初便成為了拜仁一線隊的固定成員[16]。在最初的幾場比賽中，穆勒主要是作為替補登場，2009年9月12日，他在對陣多特蒙德的比賽中射入2球，幫助球隊以5比1取勝[17]。三天後，他又在3比0戰勝海法馬卡比的歐冠比賽中射入2球[18]，並被評為9月德甲最佳球員[19]，贏得了與他姓氏相同的前拜仁傳奇前鋒蓋德·穆勒的嘉許[20]。在與海法馬卡比的比賽之後，穆勒幾乎每場比賽都出現在首發陣容中[21]，至賽季前半程結束前只缺席過一場比賽，即2009年11月3日在歐冠比賽對陣波爾多時遭到禁賽[22]，因為他在雙方首回合的較量中被紅牌罰下[23]。
2010年2月，穆勒與拜仁慕尼黑簽訂了一份新的合同，有效期直至2013年[24]。他在該賽季的後半程繼續作為一線隊的主力球員首發出場[16]，由於邊鋒法蘭克·里貝里及阿爾揚·羅本通常分居居左右兩側，穆勒在陣中主要扮演中路攻擊手的角色。2010年4月，他在2比1戰勝爭冠對手沙爾克04的比賽中射入第2球[25]；在該賽季倒數第二輪比賽中，他又完成了職業生涯的首個帽子戲法[26]，幫助球隊以3比1戰勝波鴻，確保了拜仁奪得德國足球冠軍[27]。在提前奪冠的一周後，穆勒仍然在客場以3比1戰勝柏林赫塔的最後一輪聯賽中首發出場[28][29]。在該賽季的全部34場聯賽中，穆勒共出場29次，射入13球並有11次助攻[16]。隨後，穆勒隨拜仁重返柏林，參加對陣文達不來梅的德國盃決賽。他在比賽中首發出場，拜仁最終以4比0戰勝對手，實現了國內賽事的雙冠王[30]。穆勒在這項賽事中共射入4球並有2次助攻進帳，令他成為該賽季德國盃的頭號射手[31]。該賽季的最後一場比賽是拜仁在馬德里貝納烏球場舉行的2010年歐洲冠軍聯賽決賽中對陣國際米蘭，拜仁志在包攬三項冠軍。然而這並沒有成為現實，隨著來自迪亞哥·米利托的兩個進球，拜仁以0比2告負[32]。穆勒在比賽中首發出場，並在下半場開始後不久、拜仁以0比1落後的情況下獲得過一次關鍵的得分機會，但他的射門卻被對方守門員儒利奥·塞薩頑強撲出[33]。穆勒對這場失利感到特別失望[13]，儘管如此，在他作為一線隊球員的首個賽季中仍是成功的，他於所有賽事共出戰52場並射入19球[16]。在由體育雜誌《踢球者》開展的一項評選中，穆勒被專業人士評選為2009-10賽季最佳新人[34]，併入選了該賽季的德甲最佳陣容[35]。穆勒將他崛起的很大一部分功勞歸功於范加爾，這位在阿賈克斯時期便以善於提拔年輕人而著稱的荷蘭總教練始終給予穆勒在一線隊的出場機會，並聲稱「只要跟隨我，穆勒將一直踢下去（Müller spielt bei mir immer）」[36]。作為回報，穆勒把范加爾說成「天才技師」，令球員「每次都能獲得提升」[13]。
2010-11賽季
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穆勒隨拜仁出訪俄羅斯聖彼得堡（2011年5月）
穆勒在2010年世界盃足球賽後簽署了另一份續約合同，他在拜仁的效力時間被延長至2015年同期[37]。與隊內其它參加了世界盃的隊友一樣，穆勒錯過了俱樂部的許多季前比賽[38]，他的新賽季首次亮相是在8月7日的德國超級盃對陣沙爾克04，他在比賽中首發出場，並首開紀錄幫助球隊以2比0獲勝[39]。兩周後，他又在主場以2比1戰勝狼堡的聯賽揭幕戰中射入了拜仁的首個進球[40]。穆勒參加了該賽季前半程的所有比賽，通常是作為首發出場[41]，但當球隊無法打開局面的情況下，穆勒無法重現上賽季的進球表現[41]，進而偶爾也會被遺棄在替補席上[36]，甚至在2010年8月以0比2不敵凱撒勞頓的比賽後，他因錯失一次絕佳的得分機會而遭到了范加爾的批評[13][42]。儘管如此，穆勒仍然保持豁達[43]，在連續8場比賽沒有進球後，他在11月27日以4比1戰勝法蘭克福的比賽中重新找回射門感覺並射入1球[44]，隨後又在聯賽和盃賽連續對陣斯圖加特的比賽中繼續進球[45][46]。這些進球均被計入他在該賽季前半程各項比賽中總共8球的得分紀錄中[41]，其中包括在9月15日對陣羅馬的歐冠比賽中射入一記壯觀的凌空弧線球[13][47]。
在球隊進入冬歇期後，穆勒給人留下了「作為職業球員幾乎難以置信的第一年」的印象[43]。他在該賽季後半段表現出了良好的競技狀態，卻被捲入與隊友羅本的內訌[48]：在第20輪客場以3比1逆轉取勝文達不來梅的比賽中，兩人因為爭搶主罰一記自由球而發生口角，穆勒遭到拳打，但雙方在事後很快平息了事件[49]。隨後，穆勒再次打滿了該賽季的所有比賽並射入19球（聯賽射入12球）[50]，但拜仁的成績卻差強人意，在聯賽中僅名列第三[51]，且在德國盃準決賽中被沙爾克04淘汰[52]。在歐冠十六強對陣國際米蘭的比賽中，拜仁先於首回合在梅阿薩球場以1比0取勝，而在次回合回到主場後，儘管穆勒在第31分鐘先開紀錄，但國際米蘭在第88分鐘時將總比分扳為3比3，並依靠作客入球優惠制晉身[53]。穆勒的恩師範加爾則因為戰術、轉會和用人策略的僵化而遭到越來越多的批評[54]，並最終失去了他的工作，其總教練職位由尤普·海因克斯接替[55]。
2011-12賽季
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穆勒在拜仁參加的該賽季首場德國盃比賽中便為球隊贏得兩個十二碼，在馬里奧·戈梅茲和史汪斯泰格先後將其罰入後，他又在比賽末段親自射入第3個進球，最終以3比0戰勝布倫斯維克[56]。在德甲聯賽中，穆勒用了5場比賽的時間才取得他的首個進球，於2比0戰勝沙爾克04的比賽中打破場上僵局[57]。2011年11月26日，他又在德國盃對陣因戈施塔特的比賽中於第30分鐘射入在該項賽事的第2球，並幫助拜仁以6比0大勝對手[58]。同時，穆勒還被列入了該年度國際足總金球獎的候選名單，並最終名列第13[59]。在2012年1月10日和15日，穆勒又在拜仁的2場熱身賽上射入3球，包括在4比0戰勝印度國家足球隊的比賽中射入2球[60]和在以相同比分戰勝紅白埃爾福特的比賽中射入1球[61]。隨後在德國盃戰勝斯圖加特的比賽中，穆勒還送出2次助攻。然而直至2月11日，穆勒才在對陣凱撒勞頓的比賽中用一記頭球打破自己自2011年9月24日以來的聯賽進球荒，並幫助球隊以2比0獲勝[62]。2012年3月31日，穆勒參加了自己的第100場德甲聯賽對陣紐倫堡[63][64]。2012年5月19日，他又在2012年歐洲冠軍聯賽決賽中憑藉一記強而有力的頭球先開紀錄，並在不久後被替換下場。最終拜仁在PK大戰中不敵切爾西，再度無緣歐冠獎盃[65]。穆勒對於這段時間在替補席上浪費了大量時間表示強烈不滿[66]，但隨後又強調儘管如此，他仍舊希望留在拜仁[67]。
2012-13賽季
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穆勒於中國廣州（2012年）
穆勒在慕尼黑市政廳參加三冠王慶典（2013年）
2012年8月27日，穆勒在對陣上賽季德乙冠軍菲爾特的新賽季德甲首輪比賽中即射入1球，幫助拜仁以3比0獲勝[68]。同年9月2日，他又在新擴建的安聯球場的71,000名觀眾面前梅開二度，致使拜仁在南部德比中以6比1輕取斯圖加特[69][70]。穆勒還幫助拜仁創造了聯賽最佳開局紀錄，他在10月20日以5比0戰勝升班馬杜塞多夫的比賽中射入1球，使球隊實現了史無前例的開局8連勝[71]。3天後，他又射入了自己再該賽季歐洲冠軍聯賽的首球，通過一記十二碼幫助拜仁在新建的皮埃爾·莫魯瓦球場以1比0小勝里爾[72]。
2012年12月13日，在以出色的表現度過了賽季的前半程後，穆勒承諾將效忠拜仁，並在接受媒體採訪時表示「當你要離開拜仁時，會發現幾乎沒有比它更好的球隊」[73]。6天後，他簽署了一份為期兩年的續約合同，將至少留在安聯球場直至2017年6月[74]。在德甲進入冬歇期前，穆勒共出場16次，射入9球並有7次助攻，以及在歐冠射入3球[73]。在賽季過半時，他共取得13個進球，包括在2012年德國超級盃中以2比1擊敗多特蒙德，成為隊內的得分王及助攻王[75]。拜仁在聯賽後半程的第二場比賽中，穆勒即射入1球，幫助球隊在客場以2比0戰勝斯圖加特。他的歐冠第5球則在2013年4月2日完成，幫助球隊在半準決賽對陣尤文圖斯的首回合較量中以2比0獲勝，終結了義大利球隊在歐洲賽事中的18場不敗紀錄[76]。同年4月23日，拜仁在主場對陣巴塞隆納的歐冠準決賽首回合比賽中，憑藉穆勒的2個進球及1次助攻以4比0大勝[77]。在雙方次回合比賽中，穆勒再射入1記頭球為拜仁贏得3比0，以7比0的總比分創造了對手在歐冠歷史上的最大比分失利[78]。隨後，穆勒又在拜仁以2比1戰勝多特蒙德的2013年歐洲冠軍聯賽決賽中發揮了重要的作用。6月1日，他又在德國盃決賽中射入一記十二碼[79]，拜仁以3比2戰勝斯圖加特而捧盃，奪得了歷史性的三冠王[80]。穆勒在整個賽季中共射入23球，其中包括聯賽13球、德國盃賽1球、歐冠8球和德國超級盃1球[81]，這突破了他本人的單季最高得分記錄[82]。
2013-14賽季
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穆勒在2013-14賽季前12場熱身賽中的7場均取得進球。由於佩普·瓜迪奧拉成為拜仁總教練後開始採用4-1-4-1的無鋒陣式，穆勒在這些熱身賽中通常擔任單箭頭，通過在前場不斷的跑動和騷擾牽扯出致命一擊的機會[83]。2013年8月5日，穆勒在德國盃首輪客場對陣黑白雷登（德語：BSV Schwarz-Weiß Rehden）的比賽中重返攻擊型中場位置，並再度上演帽子戲法，幫助球隊以5比0獲勝而晉身[84]。在該季德甲聯賽揭幕戰中，穆勒首次射失了十二碼。僅幾秒鐘後，拜仁再次獲得十二碼機會，但改由大衛·阿拉巴主罰。此後穆勒在接受媒體採訪時表示，自己仍然樂於主罰十二碼，但他認為隊內現在的頭號十二碼手應是大衛·阿拉巴。9月25日，穆勒在對陣漢諾威96的德國盃第二輪比賽中梅開二度，於該項賽事的兩場比賽中便射入5球。9月28日，穆勒取得當季德甲聯賽的首個進球，即在1比0戰勝狼堡的比賽中射入全場唯一進球。其於2013–14年歐洲冠軍聯賽的首個進球則發生於10月2日，在曼徹斯特市球場以3比1戰勝曼徹斯特城的比賽中射入己方第二球[85]。穆勒還參加了該年度的俱樂部世界盃[86]
2014年5月17日，穆勒在2014年德國盃決賽（英語：2014 DFB-Pokal Final）的延長賽中射入全場第二球，並幫助拜仁以2比0戰勝多特蒙德而獲得球隊歷史上的第十個雙冠王[87]。同時他還在五場比賽中共射入8球，成為這項賽事神射手[88]。
2014-15賽季
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2014世界盃完結後，穆勒昔日的恩師范加爾離開荷蘭國家對前往曼聯擔任總教練，曼聯照著范加爾的名單對多名德甲球星提出報價，其中對穆勒的報價據傳接近一億歐元，但拜仁總監魯梅尼格與主席赫內斯拒絕放人，除非曼聯打算直接買斷。而穆勒考慮過後拒絕了曼聯買斷的提案[5][89]並與拜仁簽訂了一份期至2019年的新合同[90]。他參加了2014年德國超級盃（德語：2014 DFL-Supercup），這是拜仁在2014-15賽季的首場正式比賽，卻以0比2不敵多特蒙德[91]。他的賽季首球是在2014年8月17日對陣普魯士明斯特的德國盃比賽中射入[92]。隨後，在2014年8月22日對陣狼堡的德甲揭幕戰中[93]，穆勒射入開局進球[94]，幫助拜仁最終以2比1擊敗對手[93]。2015年3月11日，穆勒又在7比0戰勝頓內茨克礦工的比賽中梅開二度[95]，並追平由馬里奧·戈梅茲保持的記錄，成為歐洲冠軍聯賽（改制後）歷史上取得最多進球的德國人[96]。而在2015年4月21日以6比1戰勝波爾圖的歐冠半準決賽中，穆勒也取得進球並成為場上領袖[97]。他在當季聯賽以32場入19球完賽，而德國盃則是5場入1球以及歐冠聯賽10場入7球[98]。
2015-16賽季
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穆勒是在對陣狼堡的德國超級盃中開啟了自己的新賽季征程[99]。在德甲聯賽的頭四場比賽中，他連續在對陣漢堡時射入2球[100]、對陣霍芬海姆射入1球[101]、對陣勒沃庫森射入2球[102]以及對陣奧格斯堡射入1球[103]。其中在對陣勒沃庫森和奧格斯堡的比賽中各射入一記十二碼[102][103]。隨後的三場比賽中，穆勒未能取得進球[104]，甚至在第七輪對陣美因茲05時將十二碼射失[105]。他隨後的德甲進球發生於第八輪，在面對多特蒙德的比賽中梅開二度[104]，其中之一為十二碼[106]。穆勒的進球勢頭也延續到其它賽事：他在德國盃第二輪對陣狼堡的比賽中獨中兩元[107]，以及在歐冠聯賽分組賽中先後射入奧林匹亞科斯2球[108]、兵工廠2球[109]以及次回合的奧林匹亞科斯1球[110]。在主場擊敗奧林匹亞科斯的比賽中取得進球後，穆勒成為贏得50場歐冠勝利的最年輕球員，比此前的紀錄保持者萊納爾·梅西提前了十四個月[111]。
2015年12月9日，穆勒在對陣札格瑞布迪納摩的比賽中於第46分鐘替補法蘭克·里貝里出場[112]。他在比賽中再度射失十二碼[113]，但仍在分組賽的6場比賽中取得5球入帳[104]。同年12月18日，穆勒與拜仁簽署了新的合同，使他能夠繼續留在俱樂部直至2021年[114]。一日後，拜仁憑藉穆勒射入的十二碼以1比0戰勝漢諾威96[115]，從而進入冬歇期[116]。穆勒在聯賽前半程出場17次並射入14球，這當中包括6次十二碼機會中的5次入網[104]。而在冬歇期之前，他在各項賽事中共取得25場21球的成績[99][104]。
2016年3月12日，穆勒在5比0大勝文達不來梅的聯賽中梅開二度[117]。四日後，當拜仁在歐冠十六強賽次回合以1比2落後於尤文圖斯的比賽中，他於第91分鐘頑強扳平比分，並率領球隊在延長賽中以4比2獲勝（總比分6比4）[118]。2016年4月19日，穆勒又在德國盃以2比0擊敗文達不來梅的準決賽中包辦所有進球。他在這場比賽的首個進球也成為其代表俱樂部在各項賽事中射入的第150球[119]。2016年5月3日，穆勒在歐冠準決賽次回合主場面對馬德里競技的比賽中曾獲得十二碼機會，但他的射門被對方門將揚·奧布拉克撲出。比賽最終以拜仁2比1獲勝，但球隊仍因作客入球優惠制遭到淘汰[120]。
賽季結束後，穆勒共錄得在德甲聯賽出場31次射入20球，德國盃出場5次射入4球，以及歐冠聯賽出場12次射入8球。他在德國超級盃中取得1進球。[99]
2016-17賽季
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2016年安切洛蒂入主拜仁，而穆勒的新賽季始於2016年8月14日的2016年德國超級盃，他在比賽中射入1球並幫助拜仁以2比1戰勝普魯士多特蒙德[121]。在聯賽中，穆勒曾遭遇長達999分鐘的進球荒，直至第14輪主場對陣狼堡的比賽中於第76分鐘才射入首球[122]。
總體而言，穆勒並沒有辦法很好的融入安切洛蒂和他慣用的4（後衛）-3（後腰，其中至少一名會是精於長傳的人，以這個賽季的拜仁為例則是阿隆索）-2（邊鋒）-1（中鋒）聖誕樹體系：穆勒的一對一防守和長傳準頭皆不佳，沒辦法擔任後腰；他速度不錯但運球單挑能力則不盡理想，不能擔任邊鋒；他體格偏瘦，射門力量並非頂尖，也沒辦法在空戰中和對方的高大後衛推擠，沒辦法像萊萬多夫斯基一樣擔任單前鋒的位置。於是到了賽季最後他被放到了板凳席上，全年僅僅打入五球。
2017-2020的三個賽季
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2017-18季初，安切洛蒂在拜仁於歐冠以0比3慘敗後離隊，球隊將已退休的海因克斯重新請出山，執教至季末。穆勒狀態迅速的回歸，最後球隊順利在德甲積分榜反超，完成衛冕，穆勒個人則是2017-18德甲賽季的助攻王。2018年2月，穆勒取得贏得200場德甲的里程碑，而這僅僅是他第275場的德甲出賽，刷新了同隊前輩史魏因斯泰格花了301場才達成的最快200勝，但這個紀錄日後被隊友阿拉巴以272場的成績超越。
2018-19賽季，球隊從法蘭克福請來了科瓦奇執教。2018年9月，穆勒在歐冠小組賽第一輪對陣本菲卡的比賽末段遞補出場，迎來歐冠出場100場裡程碑，他在前100場比賽中取得66勝，是歐冠史上所有球員在前100場出賽的最多勝紀錄。2018年12月在歐冠對陣阿賈克斯的比賽中，穆勒完成了平隊史最高的105場歐冠出賽（和拉姆共享此紀錄，而拉姆另在斯圖加特有7場歐冠出賽），他在同場比賽中，搶球時不慎踢擊對方臉部而領紅牌離場，賽後遭到歐足總處罰兩場禁賽，錯過了對上利物浦的十六強賽，最終球隊兩回合1-3落敗。2018年12月15日，拜仁客戰漢諾威96，穆勒達成德甲300場裡程碑。2019年德國盃拜仁客場2-1擊敗波鴻，穆勒打入關鍵絕殺球。此後德國盃準決賽，穆勒在賽後被評為全場最佳，成為德國盃準決賽參加次數最多的球員。雖然本賽季季初，科瓦奇偏好以羅德里奎茲做為先發，但他在季中受傷後，穆勒重返先發陣容，最終本季成績為45場出賽進9球。拜仁本賽季雖然在歐冠早早出局，但在國內仍是完成了雙冠王，穆勒後半賽季在球隊進攻端有不可替代的作用。
2019-2020賽季，科瓦奇因拜仁在德甲第10輪慘敗而離職，由助教、也是曾在國家隊和穆勒共事數年的前國家隊助教弗利克接手剩餘賽季。19年11月10日拜仁聯賽中4-0大勝多特蒙德，贏下國家德比。穆勒在比賽中奉獻兩次關鍵助攻，同時也完成了拜仁500場的里程碑。2020賽季穆勒繼續為拜仁出戰，超越拉姆在拜仁的出場次數。2020年穆勒助攻次數也冠絕五大聯賽。2020年4月7日，拜仁官方宣布與穆勒續約至2023年。[123]
2020-21賽季
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2020年9月18日，拜仁8比0大勝沙爾克04，穆勒收穫賽季首球，貢獻一個助攻[124]。其後率領拜仁拿下歐洲超級盃和德國超級盃冠軍，拜仁生涯累計27冠，超越巴斯蒂安·史汪斯泰格26冠，成為德國足壇歷史第一人[125]。
2021-22賽季
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2021年8月17日，德國超級盃，拜仁客場3比1戰勝多特蒙德，穆勒收穫賽季首球，助攻一次[126]。11月19日，拜仁1比2不敵奧格斯堡，穆勒拜仁生涯場數突破600場，是繼瑟普·邁爾、傑拉德·穆勒和奧利佛·卡恩後的第四任[127]。12月8日，攻入個人歐冠第50球，幫助拜仁3比0大勝巴塞隆納，為歐冠史上第8位進球突破50個的球員[128]。
2022–23賽季
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2023年4月1日，穆勒在4比2戰勝多特蒙德比賽中梅開二度，重返德甲射手榜榜首[129]。最終拜仁以淨球數優勢力壓多特蒙德，連續11個賽季奪得德甲冠軍[130]，穆雷生涯德甲冠軍累計12個[131]。
2023-24賽季
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2023年8月18日，拜仁客場4比0大勝雲達不萊梅，穆勒第84分鐘替補上場，成為出戰德甲16個賽季的第一人[132]。9月20日，拜仁在歐冠分組賽首場比賽中4比3戰勝曼聯，穆勒歐冠場數突破100場，為C羅和伊克爾·卡西利亞斯之後的第三人[133]。2023年12月19日，穆勒與拜仁續約至2025年6月30日[134]。
2024年2月3日，拜仁3比1戰勝門興格拉德巴赫，穆勒拜仁生涯累計獲勝500次，為拜仁隊史第一人[135]。4月6日，拜仁客場2比3不敵海登海姆，穆勒拜仁生涯場次突破700場[136][137]。4月30日，生涯第150場歐冠比賽，幫助拜仁2比2在歐冠準決賽中戰平皇馬，成為繼哈維和卡西利亞斯後，第三位單俱樂部歐冠場次突破150場的球員[138]。5月8日出戰歐冠準決賽次回合較量，生涯歐冠場次累計151場，與哈維並列單俱樂部歐冠出戰場數最多的球員[139]。德甲聯賽最後一輪，德甲生涯累計473場，追平瑟普·邁爾的紀錄[140]。
2024–25賽季
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2024年8月16日，德國足協盃，穆勒攻入賽季首球，並在比賽中梅開二度，幫助拜仁4比0戰勝烏爾姆[141]。8月25日，拜仁對陣狼堡的德甲首輪比賽，穆勒生涯德甲場數達到474場，為拜仁隊史第一人，同時追平瑟普·邁爾為拜仁出戰各項比賽709場的紀錄[142]。9月1日，德甲第二輪，拜仁對陣弗萊堡，穆勒拜仁生涯各項比賽場次累計710場，成為拜仁出場次數最多的球員，同時為拜仁打入比賽第二球，生涯德甲進球累計150個[143][144][145]。9月17日，拜仁主場9比2大勝札格瑞布迪納摩，穆勒生涯歐冠比賽累計152場，正式超越哈維，成為單俱樂部歐冠出戰場數最多的球員[146]。歐冠聯賽階段第六輪，拜仁客場5比1大勝頓內次克礦工，期間穆勒貢獻一球，在生涯歐冠第16個賽季中進球，追平瑞恩·吉格斯和C羅的紀錄，與歐冠進球賽季最多的利昂內爾·梅西和卡里姆·本澤馬僅一步之遙[147]。2024年12月20日，拜仁主場5比1大勝RB萊比錫，穆勒生涯德甲比賽突破350場[148]。
2025年3月底，外界盛傳穆勒不與拜仁續約[149]。4月5日，穆勒正式確認在德甲結束後離開拜仁，結束在拜仁長達25年的征程[150]，而他在兩天後宣布與球隊短暫延長合約至同年的俱樂部世界盃結束。宣布離隊後的第一場比賽，穆勒在歐冠半準決賽首回合中對陣國際米蘭，在下半場打進追平比分的一球，最終拜仁1比2不敵國米[151]。次回合較量，穆勒以隊長身份首發登場，生涯歐冠場數163場，追平梅西紀錄，並列歐冠場數第三多的球員。最終雙方2比2戰平，拜仁總比分3比4淘汰出局，穆勒在拜仁的歐冠生涯劃上句號[152]。4月26日，拜仁3比0大勝美因茲，穆勒德甲場數突破500場[153]。最終穆勒拿下自己在拜仁的第13個德甲冠軍[154]，與瑞恩·吉格斯並列歐洲五大聯賽奪冠次數最多的球員。同時生涯各項比賽冠軍34個，與托尼·克羅斯並列冠軍數最多的德國球員[155]。
5月10日，穆勒在拜仁的第750場比賽，也是在拜仁主場安聯球場的最後一場比賽，幫助拜仁主場2比0戰勝門興格拉德巴赫，穆勒在賽後親手舉起德甲沙拉盤[156]。5月18日，穆勒在德甲本季最後一場比賽，對霍芬海姆的比賽末尾被換下，亦是他在拜仁最後一場德甲比賽。
2025俱樂部世界盃的第一場小組賽中，穆勒先發出賽並攻進兩球，完成了個人在球隊正式比賽的第250次進球，他也是繼巴塞隆納的梅西之後第二位在同一支歐洲足總的俱樂部球隊達成250次進球+250次助攻的選手。